Yn ogystal â sylweddau niweidiol, mae yna lawer o facteria a firysau mewn carthffosiaeth. Felly, defnyddir diheintio clorin yn eang i ladd bacteria a firysau yn y dŵr yn ystod cam elifiant gweithfeydd trin dŵr tap a charthion.
Wrth drin dŵr oeri sy'n cylchredeg diwydiannol, defnyddir clorin hefyd i sterileiddio a chael gwared ar algâu. Yn y broses o gylchrediad dŵr oeri, oherwydd anweddiad rhan o'r dŵr, mae'r maetholion yn y dŵr wedi'u crynhoi, a bydd bacteria a micro-organebau eraill yn lluosi mewn symiau mawr ac yn ffurfio baw llysnafedd yn hawdd. Bydd gormod o faw llysnafedd yn arwain at rwystr pibellau a chorydiad.
Mae clorineiddio fel arfer yn golygu chwistrellu clorin i ddŵr i ladd bacteria a micro-organebau eraill, fel arfer mewn clorin potel.
Er mwyn cynnal yr effaith bactericidal, dylid cadw'r clorin gweddilliol bob amser ar {{{0}}.5 ~ 1mg/L yn y dŵr sy'n cael ei ollwng ac ar ddiwedd y rhwydwaith cyflenwi dŵr yn 0 .05 ~ 0.1mg/L.