Mae egwyddor diheintio hypoclorit sodiwm yn cynnwys tair agwedd yn bennaf:
Mae asid hypochlorous yn cael ei ffurfio trwy hydrolysis, ac mae asid hypochlorous yn dadelfennu ymhellach i ffurfio ocsigen ecolegol newydd. Mae eiddo ocsideiddio cryf ocsigen ecolegol newydd yn dadnatureiddio sylweddau fel proteinau ar facteria a firysau, gan ladd micro-organebau pathogenig.
Gall asid hypocloraidd dreiddio i mewn i facteria (firysau) ac adweithio â pholymerau organig fel proteinau bacteriol (feirol), asidau niwclëig ac ensymau, gan ladd micro-organebau pathogenig.
Gall yr ïonau clorid a gynhyrchir gan asid hypochlorous newid pwysau osmotig bacteria a firysau yn sylweddol, gan achosi i'w celloedd golli gweithgaredd a marw.